ประวัติความเป็นมา
ศูนย์สุขภาพจิตที่ 12 ตั้งขึ้นตามคำสั่งกรมสุขภาพจิตที่ 039/2542 ลงวันที่ 18 มกราคม 2542 ให้มีการจัดตั้งศูนย์สุขภาพจิตเขต 1 – 12 เป็นการภายใน และมีฐานะเทียบเท่ากองในสังกัดกรมสุขภาพจิต และมอบหมายให้ศูนย์สุขภาพจิตที่ 12 รับผิดชอบงานสุขภาพจิตในพื้นที่ 8 จังหวัดภาคใต้ตอนล่าง โดยมีสำนักงานตั้งอยู่ที่อาคารผู้ป่วยนอก โรงพยาบาลสวนสราญรมย์
เมื่อมีการปฏิรูประบบราชการ ปี พ.ศ. 2546 จึงได้ย้ายที่ตั้งสำนักงานจากโรงพยาบาลสวนสราญรมย์
มาตั้งอยู่ที่ อาคารศัลยกรรมประสาท ชั้น 3 โรงพยาบาลจิตเวชสงขลาราชนครินทร์ จังหวัดสงขลา เพื่อให้การบริหารงานของกรมสุขภาพจิตในการดำเนินงานสุขภาพจิตไปสู่ประชาชนอย่างทั่วถึงและเพื่อประสานงานเครือข่ายการให้บริการสุขภาพจิตกับสถานบริการสาธารณสุขในพื้นที่เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ
ศูนย์สุขภาพจิตที่ 15 จัดตั้งขึ้นตามคำสั่งกรมสุขภาพจิตเลขที่ 1190/2547 เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2547 อันเนื่องมาจากสถานการณ์ความไม่สงบในจังหวัดชายแดนใต้โดยรับผิดชอบพื้นที่เขตตรวจราชการที่ 8 ได้แก่ จังหวัดยะลา ปัตตานี และ นราธิวาส และ 4 อำเภอในจังหวัดสงขลา ซึ่งขณะนั้นนายแพทย์หม่อมหลวงสมชาย จักรพันธุ์ เป็นอธิบดีกรมสุขภาพจิต เพื่อให้การช่วยเหลือดูแลเยียวยาจิตใจแก่ประชาชนในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ต่อมาตามคำสั่งกรมสุขภาพจิตที่ 1190/2547 ลงวันที่ 28 ธันวาคม 2550 เรื่องแก้ไขคำสั่งการจัดตั้งศูนย์สุขภาพจิตที่ 15 มีสำนักงานอยู่ที่โรงพยาบาลจิตเวชสงขลาราชนครินทร์ ให้ย้ายสำนักงานมาอยู่ที่ 294
(ภายใต้ศูนย์บำบัดยาเสพติดปัตตานี) หมู่ที่ 6 ถนนปากน้ำ ตำบลรูสะมิ อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี
ต่อมากรมสุขภาพจิตมีคำสั่งให้รับผิดชอบพื้นที่ในเขตตรวจราชการที่ 8 ได้แก่ จังหวัดยะลา ปัตตานี นราธิวาส สตูล และ 4 อำเภอ(อำเภอจะนะ เทพา สะบ้าย้อย และนาทวี)จังหวัดสงขลา ตามคำสั่งกรมสุขภาพจิตที่ 869/2553 สั่ง ณ วันที่ 16 ธันวาคม 2553
ปี 2556 กรมสุขภาพจิตได้มีการปรับบทบาท ภารกิจ และโครงสร้างองค์กรกรมสุขภาพจิต เพื่อให้สอดคล้องกับการปฏิรูปกระทรวงสาธารณสุข ในการจัดระบบบริการที่มีประสิทธิภาพและประชาชนสามารถเข้าถึงบริการที่มีคุณภาพทั่วถึงและครอบคลุมทุกกลุ่มวัย และตามคำสั่งกรมสุขภาพจิตที่ 654/2556 ลงวันที่ 26 สิงหาคม 2556 ให้ยกเลิกศูนย์สุขภาพจิตที่ 15 และบุคลากรปฏิบัติงานร่วมกับศูนย์สุขภาพจิตที่ 12 โดยมีพื้นที่รับผิดชอบเขตบริการสุขภาพที่ 12 ประกอบด้วย 7 จังหวัดภาคใต้ตอนล่าง ได้แก่ จังหวัดตรัง พัทลุง สตูล สงขลา ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส จนถึงปัจจุบัน